区校共建以来，在区委区政府和复旦大学的共同支持和关心下，市五医院通过学科建设和人才培养来推动医、教、研工作的全面发展。科研工作作为学科建设与人才培养的基础，医院始终将其放在可持续发展的战略高度予以支持。近年来，医院科研工作已由单一临床型向基础与临床相结合方向发展，现有实验室设施已不能满足学科建设和科研工作的需求。为此，在第二轮区校共建伊始，医院开始筹备和规划中心实验室，在复旦大学、闵行区科委和区卫生局的关心、支持和帮助下，经过一年多的建设，于2006年11月建成中心实验室（I期）并投入使用。
医院在中心实验室I期建设中，投入400万元用于基本建设和添置设备。中心实验室建筑面积670平方米，现有专职工作人员6名,其中博士生1名、硕士生2名、本科生3名。内设细胞生物学室、分子生物学室、流式细胞仪检测室、高级临床检验室、分子诊断实验室。拥有流式细胞仪、荧光定量PCR仪、梯度PCR仪、高效液相色谱仪、凝胶成像分析系统、全自动酶标仪等多种科研仪器，能够进行细胞水平和分子水平的基本实验，满足临床医学基础科研的需求，并能提供部分临床检验项目。
作为一个开放式的科研平台和科技孵化基地，市五医院中心实验室的建成不仅能够充分利用区内卫生系统现有学科、人才、技术和设备等方面的优势，为科研项目的研发提供了强大的支持，也有利于提升闵行区医学科研能级，推进对外合作交流，加强学科建设和人才培养，促进闵行地区医疗卫生事业的全面发展，为闵行区创造医疗卫生品牌提供强大的技术支撑。